De Algemene Rekenkamer is het eerder aangekondigde onderzoek naar de Hogesnelheidslijn-Zuid begonnen. Dit onderzoek wordt gericht op het verkrijgen van meer inzicht in de rollen van de Staat bij vooral de exploitatie van deze spoorlijn. Daarbij gaat het om het Ministerie van Infrastructuur en Milieu (IenM) dat de concessie verleende, het contract voor beheer en onderhoud van deze lijn sloot en onderhandelde met België. En de rol van het Ministerie van Financiën, omdat de Staat aandeelhouder is van de NS. De exploitatie van de HSL-Zuid is gegund aan HSA, een dochterbedrijf van NS en KLM.

De Algemene Rekenkamer heeft hierover op 17 januari 2014 een brief gestuurd aan de Tweede Kamer.

In juni 2007 heeft de Algemene Rekenkamer het onderzoeksrapport Risicobeheersing HSL-Zuid gepubliceerd. Ten tijde van dat onderzoek was deze hogesnelheidslijn tussen Amsterdam en Brussel nog niet in gebruik. In dat onderzoeksrapport is onder meer gewezen op de risico’s bij de exploitatie van deze internationale spoorverbinding. Nederland heeft ruim € 7 miljard in deze infrastructuur geïnvesteerd. Inmiddels wordt de HSL-Zuid benut, maar de exploitatie verloopt moeizaam, onder meer vanwege problemen met de Fyra-treinen. Met het Ministerie van IenM zijn nieuwe financiële afspraken gemaakt vanwege de exploitatieproblemen. Ook het Ministerie van Financiën is hierbij betrokken. De ontwikkelingen hebben negatieve gevolgen voor het bedrijfsresultaat van de NS en het dividend dat de NS aan de Staat uitkeert, en voor de vergoeding die exploitant HSA aan de Staat betaalt voor het gebruik van deze spoorlijn. Overleg over samenwerking tussen de Algemene Rekenkamer en het Belgisch Rekenhof bij dit onderzoek is afgerond, nadat het Rekenhof in oktober besloot geen onderzoek naar de Fyra-treinen uit te voeren. Daarnaast is er overleg geweest met de (tijdelijke) commissie van de Tweede Kamer die de parlementaire enquête voorbereidde naar de Fyra. De opzet van het onderzoek van de Algemene Rekenkamer is afgestemd op de op 19 december j.l. door de Tweede Kamer vastgestelde opzet van het onderzoek van de parlementaire enquête Fyra. De Algemene Rekenkamer verwacht medio juni 2014 de bevindingen te kunnen publiceren.